Alors que les villages kampong et les pistes cyclables de l'île attirent les foules le week-end, ses chenaux de mangrove peu profonds et ses baies abritées restent mieux explorés en kayak. Le littoral ouest, face à la terre ferme, offre des eaux calmes idéales pour les pagayeurs novices. Les zones humides orientales de Chek Jawa, une plaine intertidale de 100 hectares désignée comme zone de conservation en 2001, révèlent des herbiers marins et des vasières à marée basse, accessibles uniquement par l'eau ou par la promenade côtière.
Les itinéraires de kayak à Pulau Ubin se divisent en trois zones. L'itinéraire nord suit le ruisseau bordé de mangroves de Sungei Jelutong, où les racines de Bruguiera cylindrica et d'Avicennia alba créent des arches naturelles à marée haute. L'itinéraire s'étend sur trois kilomètres en amont avant que le chenal ne se rétrécisse. Le circuit côtier sud longe des carrières de granit abandonnées inondées dans les années 1970, leurs parois rocheuses plongeant de six mètres dans une eau turquoise. Les opérateurs de location de kayaks de Pulau Ubin sont stationnés à la jetée principale près d'Ubin Town, le seul centre commercial de l'île, où le ferry de Changi Point dépose les visiteurs toutes les 20 minutes à partir de 06h00.
La zone intertidale de Chek Jawa, l'habitat marin le plus riche de Singapour, abrite plus de 100 espèces d'herbiers marins, de mollusques et de crustacés. Les kayakistes qui arrivent deux heures avant la marée basse peuvent pagayer à travers les hauts-fonds, observant des étoiles de mer et des limules à travers l'eau claire. La promenade en mangrove, achevée en 2007, offre un point de vue élevé mais révèle peu des écosystèmes de chenaux visibles uniquement depuis le niveau de l'eau. Les excursions en kayak dans la mangrove de Pulau Ubin, qui durent généralement de deux à trois heures, naviguent selon les changements de marée qui peuvent bloquer les kayaks sur des vasières exposées en cas de mauvaise estimation.
L'industrie du granit de l'île, qui employait 3 000 travailleurs de carrière jusqu'aux années 1970, a laissé derrière elle des fosses inondées désormais colonisées par la végétation côtière. Ces carrières créent des lagunes abritées où les amateurs de pêche en kayak à Pulau Ubin ciblent le bar et le mérou dans des eaux de cinq à huit mètres de profondeur. Le granit lui-même, formé il y a 200 millions d'années pendant la période du Trias, affleure le long de la côte est sous forme de rochers lisses et arrondis façonnés par des millénaires d'action des vagues. Aucun navire motorisé ne circule dans les zones de conservation, laissant les kayakistes seuls avec les courants de marée et le son de l'eau se déplaçant à travers les racines de mangrove.
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